Gestió de Projectes en R (2) - Github, Contrasenyes i iniciar projecte per equips

Curs R Avançat Equips - Sessió 3

Avui

Coneixerem les diferències de github, i per què també és adequat diposar d'un compte a github.

Seguirem un tutorial (en R) de Git i RStudio, centrat en Github, l'ús segur de credencials i contrasenyes, tokens, acces keys, ...

Al tutorial aprendreu a:

• gestionar contrasenyes d'accés o TOKENS, de forma segura, des de l'RStudio
  • creant un Personal Access Token (o "PAT") per accedir al vostre compte de github, i a connectar-vos amb Github a través del PAT des de l'RStudio
  • guardant el PAT amb el gestor de contrasenyes del sistema operatiu, o bé amb un sistema que funciona de forma similar a tots els sistemes operatius: guardar el PAT o les credencials d'accés que necessitem emprar a la sessió d'R en l'arxiu .Renviron de l'usuari en aquell ordinador
• trobar i editar fàcilment l'arxiu .Renviron del projecte posteriorment, amb usethis::edit_r_environ(),
• protegir la informació del .Renviron a través d'afegir aquest nom d'arxiu al .gitignore del projecte, per a que no s'enviï mai al repositori remot del codi sinò que el tingueu en local només a la vostra màquina.

Farem projectes per equips.

1. Tutorial de Git i RStudio amb Github

Es pot seguir el tutorial base del paquet xavidp/aprendeR :

if (!require("remotes")) install.packages("remotes")
remotes::install_github("xavidp/aprendeR")
library("aprendeR")
if (!require("learnr")) install.packages("learnr")
learnr::run_tutorial("080-rstudio-y-github", package = "aprendeR")

Treballar:

1. en local amb git local
2. en local amb git remot
3. en posit.cloud

O també es poden seguir les instruccions que veure-ho aquí:
https://gitlab.com/radup/curs-r-avancat-equips/-/blob/main/sessio_03/Sessio_03_Exercici_git_github.Rmd?ref_type=heads#passos-per-treballar-remotament-amb-github

2. Elaboració col·laborativa amb git de manual de bones pràctiques

Projecte pràctic de treball col·laboratiu amb el mètode escaient: modificar un informe en equip, gestionar la versió nova, controlar els canvis. Addicionalment, si dona temps, fer proves amb llibreries com testthat.

Per a això, anirem a fer repositori nou, per cada equip de treball, dins l'espai del gitlab.com/radup. Cal:

• Fer login a https://gitlab.com amb les teves credencials d'usuària.
  Totes les persones del curs han estat afegides com a membres del group "radup" amb el rol de developers (menys l'organitzador del curs, que ha estat afegit com a maintainer)
• Anar a https://gitlab.com/radup
  • i clicar a "New project"
    Això us hauria de portar a:
    https://gitlab.com/projects/new?namespace_id=3945489
  • escolliu "Create Blank Project"

Per exemple, a:

• https://gitlab.com/radup/bones-practiques-amb-r-dg_tributs_i_joc
• https://gitlab.com/radup/bones-practiques-amb-r-dg2_la_que_sigui
• https://gitlab.com/radup/bones-practiques-amb-r-dep_xxx
• ...

Fonts d'informació/inspiració:

• Software Carpentry > Programming with R > Best Practices for Writing R Code
  https://swcarpentry.github.io/r-novice-inflammation/06-best-practices-R.html

• R Code – Best practices. The R Trader, in R bloggers. 2018-09-01
  https://www.r-bloggers.com/2018/09/r-code-best-practices/

• Best Coding Practices for R. Vikram Singh Rawat. 2022-04-04
  https://bookdown.org/content/d1e53ac9-28ce-472f-bc2c-f499f18264a3/

• Goolgle Style guide.
  https://google.github.io/styleguide/Rguide.html

• Tidyverse Style guide
  https://style.tidyverse.org/

Treballar:

1. en local amb git remot (a Gitlab o Github)

3. Iniciar projecte per equips

Al llarg d'aquest curs se us anima a crear un projecte col·laboratiu de codi R per cada equip natural de persones que veniu del mateix centre/dependències de la Generalitat.
Amb la resolució d'un problema/projecte real que teniu in mente desenvolupar, ja sigui d'anàlisi de dades, informes automatitzats, o aplicació interactiva (en html interactiu).

Els darrers dos dies del curs seguiment amb el desenvolupament del projecte, en el que se us anima a:

• Crear un repositori remot on allotjar el codi. Per exemple, a gitlab.com
• A afegir-vos com a membres mantenidors del repositori git remot tots els integrants de l'equip
• Crear un projecte de RStudio al vostre ordinador local, clonant el repositori git remot com a font d'informació i arxius inicial
• Editar l'arxiu .gitignore per no enviar els arxius *.Rproj o .Renviron al repositori remot.
• Afegir codi R en arxius .Rmd o .R per fer la feina que necessitis fer.
  • Si no teniu cap projecte real in mente factible per realitzar aquests dies, podeu agafar com a base la feina feta fins a la segona sessió d'aquest curs a l'arxiu:
    https://gitlab.com/radup/curs-r-avancat-equips/-/blob/main/sessio_02/Sessio_02_Exercici_Llista_Centres_Joc.Rmd?ref_type=heads
    i fer-la evolucionar amb noves presentacions de les dades treballades, o afegint-hi noves anàlisis amb altres arxius, com aquests per exemple:
    • Dades en Excel - exemple 1:
      https://economia.gencat.cat/web/.content/70_tributs/Publicacions-estadistiques/Est-ingr-tributaris/drets_liquidat_90-22_PG23_web_DEF.xlsx
    • Dades en Excel - exemple 2:
      https://analisi.transparenciacatalunya.cat/Hisenda/La-recaptaci-tribut-ria-a-Catalunya/8arf-n4a4/about_data
      https://economia.gencat.cat/web/.content/70_analisi_finances_publiques_estadistiques_indicadors_financers/arxius/base-de-dades-recaptacio.xlsx
• Fer commit amb els canvis dels arxius
• Fer push al repositori remot.
• Fer pull de canvis per incorporar els canvis que han afegit els vostres companys d'equip
• Resoldre els conflictes que hi surtin si és el cas.
  • Veure els apunts del primer dia:
    https://gitlab.com/radup/curs-r-avancat-equips/-/blob/main/sessio_01/Sessio_01_Compartir_via_git.Rmd

Noms alias d'aquest pàgina: CursRAvancatEquipsS3