Edit Section: Ubuntu 18.04 LTS for Human Beans

!!!# R

Per omissió, Ubuntu 18.04 ve amb R 3.4.x. Però en els passos previs d'aquestes instruccions, s'han afegit ja els repositoris per a que la instal·lació d'R es faci amb la versió 3.5.x, que porta algunes millores interessants, desenvolupades inicialment a la branca [https://svn.r-project.org/R/branches/ALTREP/ALTREP.html|ALTREP] d'R.

​

Per poder instal·lar adequadament paquets d'R des de dins de la consola d'R et caldran paquets extra de sistema. I t'aniran bé algunes eines habituals associades (git, svn, etc). Pots posar les dependències habituals amb:

​

{CODE(colors="bash", wrap="1", caption="Command on a console")}

sudo apt-get install -y r-recommended  r-cran-xml libgraphviz-dev libcairo2-dev r-cran-cairodevice freeglut3 freeglut3-dev r-cran-rglpk r-cran-rgl r-cran-misc3d libx11-dev libxt-dev libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev r-cran-xml libgraphviz-dev libcairo2-dev bwidget tk-table libv8-dev r-cran-rjava libmpfr-dev libc6 libssl-dev texlive-latex-extra texlive-lang-spanish libx11-dev libxml2-dev libxml2:i386 libxt-dev r-cran-misc3d subversion git texmaker tk-dev unaccent xvfb libgdal-dev libproj-dev r-cran-rmysql libmagick++-dev r-cran-rcolorbrewer r-cran-doparallel libssh2-1-dev libudunits2-dev libgdal-dev libgeos-dev libproj-dev libjq-dev libprotobuf-dev protobuf-compiler libssl-dev libcairo2-dev libglpk-dev dos2unix pandoc r-cran-rmio r-cran-gstat r-cran-maps r-cran-mapdata r-cran-ncdf4 r-cran-sp r-cran-raster r-cran-geor r-cran-ggmap r-cran-leaflet r-cran-rjags r-cran-snow r-cran-ggplot2 r-cran-igraph r-cran-lme4 r-cran-devtools r-cran-roxygen2 r-cran-rjava r-cran-xlsx

{CODE}

​

Una llista de paquets habituals d'R que et pot interessat tenir instal·lats de partida (un cop inicies una sessió d'R) són:

{CODE(colors="r", ln="1", caption="Command on an R console")}

install.packages(c("devtools", "plotly", "Nozzle.R1", "VennDiagram", "stringr", "xml2", "data.table", "doParallel", "xtable", "plyr", "dplyr", "reshape2", "rjson", "d3heatmap", "htmlwidgets", "googleVis", "doMC", "knitr", "checkpoint", "XLConnect", "sem", "rmarkdown", "relimp", "effects", "aplpack", "flexdashboards", "addinslist", "tidyverse", "magick", "webshot", "pacman", "officer", "flextable", "huxtable", "rio", "sf", "png", "rsvg", "xml2", "sparklyr", "rgdal", "rosm", "tmap"))

{CODE}

​

Si estàs actualitzant des d'una versió d'R anterior, et poden ser útils aquestes instruccions de terminal de sistema:

{CODE(colors="bash", ln="1", caption="Command on a console")}

sudo chmod 777 /usr/lib/R/site-library /usr/lib/R/site-library/* -R

sudo chmod 777 /usr/lib/R/library /usr/lib/R/library/* -R

sudo chmod 777 /usr/share/R/doc/html/* -R

{CODE}

​

I aquestes altres de consola d'R:

{CODE(colors="r", ln="1", caption="Command on an R console")}

update.packages(ask = F, lib="/usr/lib/R/site-library", checkBuilt = TRUE)

{CODE}

​

Cal tenir present que per omissió RStudio demana la contrasenya de Gitlab/Github cada vegada que vols fer un -+push+- dels commits locals cap 

​

​

​