Com emprar "renv" i no morir en l'intent

Trobada analistes de dades de la Gencat a l'ACA (C/ Provença 260, BCN). Dll. 16/01/2023, 15:30-17:00h.

Dr. Xavier de Pedro Puente - Ecòleg, TS TIC a l'IMI, AjBCN - xavier.depedro@seeds4c.org
Start Slideshow Presentation

https://rstudio.github.io/renv

Trobada analistes de dades

La idea és desvirtualitzar-nos, conèixer-nos, compartir informació... i després qui vulgui ens podem allargar i anar a prendre quelcom.
Accés obert a partir de les 15h15. Entrant per la porta del carrer (Provença 260), just la primera sala a l’esquerra.

PROGRAMA

5’ Benvinguda
20’ presentacions d’ús R general
10’ Presentació dades
30’ 6 presentacions de casos pràctics
10’ tRivial
10’ conclusió i torn obert

Taula de continguts de la mini-xerrada

Com emprar "renv" i no morir en l'intent
1. Control de versions amb "entorns" de treball
2. Entorns virtuals en R amb renv
3. De utils: : sessionInfo() al renv: : snapshot() + renv.lock
4. "Happy path"
5. Infraestructura
6. Us avançat
7. Gràcies

1. Control de versions amb "entorns" de treball

2. Entorns virtuals en R amb renv

3. De utils: : sessionInfo() al renv: : snapshot() + renv.lock

utils::sessionInfo()

> sessionInfo()
R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 22.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.10.0
LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.10.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=ca_ES.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=ca_ES.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=ca_ES.UTF-8     LC_MONETARY=ca_ES.UTF-8    LC_MESSAGES=ca_ES.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=ca_ES.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=ca_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     

other attached packages:
 [1] kableExtra_1.3.4 fs_1.5.2         tictoc_1.1       lubridate_1.9.0  timechange_0.1.1
 [6] janitor_2.1.0    knitr_1.40       markdown_1.3     RODBC_1.3-19     fst_0.9.8       
[11] forcats_0.5.2    stringr_1.4.1    dplyr_1.0.10     purrr_0.3.5      readr_2.1.3     
[16] tidyr_1.2.1      tibble_3.1.8     ggplot2_3.4.0    tidyverse_1.3.1 

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] httr_1.4.4        jsonlite_1.8.3    viridisLite_0.4.1 modelr_0.1.10     assertthat_0.2.1 
 [6] renv_0.16.0       cellranger_1.1.0  yaml_2.3.6        pillar_1.8.1      backports_1.4.1  
[11] glue_1.6.2        digest_0.6.30     rvest_1.0.3       snakecase_0.11.0  colorspace_2.0-3 
[16] htmltools_0.5.3   pkgconfig_2.0.3   broom_1.0.1       haven_2.5.1       scales_1.2.1     
[21] webshot_0.5.4     svglite_2.1.0     openxlsx_4.2.5.1  rio_0.5.29        tzdb_0.3.0       
[26] generics_0.1.3    ellipsis_0.3.2    withr_2.5.0       cli_3.4.1         magrittr_2.0.3   
[31] crayon_1.5.2      readxl_1.4.1      evaluate_0.18     fansi_1.0.3       xml2_1.3.3       
[36] foreign_0.8-82    tools_4.1.2       data.table_1.14.4 hms_1.1.2         lifecycle_1.0.3  
[41] munsell_0.5.0     reprex_2.0.2      zip_2.2.2         compiler_4.1.2    systemfonts_1.0.4
[46] rlang_1.0.6       grid_4.1.2        fstcore_0.9.12    rstudioapi_0.14   rmarkdown_2.18   
[51] gtable_0.3.1      DBI_1.1.3         curl_4.3.3        R6_2.5.1          fastmap_1.1.0    
[56] utf8_1.2.2        stringi_1.7.8     parallel_4.1.2    Rcpp_1.0.9        vctrs_0.5.0      
[61] dbplyr_2.2.1      tidyselect_1.2.0  xfun_0.34        

>

​x
 
> sessionInfo()R version 4.1.2 (2021-11-01)Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)Running under: Ubuntu 22.04.1 LTS​Matrix products: defaultBLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.10.0LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.10.0​locale: [1] LC_CTYPE=ca_ES.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=ca_ES.UTF-8        [4] LC_COLLATE=ca_ES.UTF-8     LC_MONETARY=ca_ES.UTF-8    LC_MESSAGES=ca_ES.UTF-8    [7] LC_PAPER=ca_ES.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              [10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=ca_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       ​attached base packages:[1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     ​other attached packages: [1] kableExtra_1.3.4 fs_1.5.2         tictoc_1.1       lubridate_1.9.0  timechange_0.1.1 [6] janitor_2.1.0    knitr_1.40       markdown_1.3     RODBC_1.3-19     fst_0.9.8       [11] forcats_0.5.2    stringr_1.4.1    dplyr_1.0.10     purrr_0.3.5      readr_2.1.3     [16] tidyr_1.2.1      tibble_3.1.8     ggplot2_3.4.0    tidyverse_1.3.1 ​loaded via a namespace (and not attached): [1] httr_1.4.4        jsonlite_1.8.3    viridisLite_0.4.1 modelr_0.1.10     assertthat_0.2.1  [6] renv_0.16.0       cellranger_1.1.0  yaml_2.3.6        pillar_1.8.1      backports_1.4.1  [11] glue_1.6.2        digest_0.6.30     rvest_1.0.3       snakecase_0.11.0  colorspace_2.0-3 [16] htmltools_0.5.3   pkgconfig_2.0.3   broom_1.0.1       haven_2.5.1       scales_1.2.1     [21] webshot_0.5.4     svglite_2.1.0     openxlsx_4.2.5.1  rio_0.5.29        tzdb_0.3.0       [26] generics_0.1.3    ellipsis_0.3.2    withr_2.5.0       cli_3.4.1         magrittr_2.0.3   [31] crayon_1.5.2      readxl_1.4.1      evaluate_0.18     fansi_1.0.3       xml2_1.3.3       [36] foreign_0.8-82    tools_4.1.2       data.table_1.14.4 hms_1.1.2         lifecycle_1.0.3  [41] munsell_0.5.0     reprex_2.0.2      zip_2.2.2         compiler_4.1.2    systemfonts_1.0.4[46] rlang_1.0.6       grid_4.1.2        fstcore_0.9.12    rstudioapi_0.14   rmarkdown_2.18   [51] gtable_0.3.1      DBI_1.1.3         curl_4.3.3        R6_2.5.1          fastmap_1.1.0    [56] utf8_1.2.2        stringi_1.7.8     parallel_4.1.2    Rcpp_1.0.9        vctrs_0.5.0      [61] dbplyr_2.2.1      tidyselect_1.2.0  xfun_0.34        ​>

renv::snapshot() i ./renv.lock

{
  "R": {
    "Version": "4.1.2",
    "Repositories": [
      {
        "Name": "CRAN",
        "URL": "https://cloud.r-project.org"
      }
    ]
  },
  "Packages": {
    "DBI": {
      "Package": "DBI",
      "Version": "1.1.3",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "b2866e62bab9378c3cc9476a1954226b",
      "Requirements": []
    },
    "tinytex": {
      "Package": "tinytex",
      "Version": "0.42",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "7629c6c1540835d5248e6e7df265fa74",
      "Requirements": [
        "xfun"
      ]
    },
    "tzdb": {
      "Package": "tzdb",
      "Version": "0.3.0",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "b2e1cbce7c903eaf23ec05c58e59fb5e",
      "Requirements": [
        "cpp11"
      ]
    },
    "zip": {
      "Package": "zip",
      "Version": "2.2.2",
      "Source": "Repository",
      "Repository": "CRAN",
      "Hash": "c42bfcec3fa6a0cce17ce1f8bc684f88",
      "Requirements": []
    }
  }
}

xxxxxxxxxx
 
{  "R": {    "Version": "4.1.2",    "Repositories": [      {        "Name": "CRAN",        "URL": "https://cloud.r-project.org"      }    ]  },  "Packages": {    "DBI": {      "Package": "DBI",      "Version": "1.1.3",      "Source": "Repository",      "Repository": "CRAN",      "Hash": "b2866e62bab9378c3cc9476a1954226b",      "Requirements": []    },    "tinytex": {      "Package": "tinytex",      "Version": "0.42",      "Source": "Repository",      "Repository": "CRAN",      "Hash": "7629c6c1540835d5248e6e7df265fa74",      "Requirements": [        "xfun"      ]    },    "tzdb": {      "Package": "tzdb",      "Version": "0.3.0",      "Source": "Repository",      "Repository": "CRAN",      "Hash": "b2e1cbce7c903eaf23ec05c58e59fb5e",      "Requirements": [        "cpp11"      ]    },    "zip": {      "Package": "zip",      "Version": "2.2.2",      "Source": "Repository",      "Repository": "CRAN",      "Hash": "c42bfcec3fa6a0cce17ce1f8bc684f88",      "Requirements": []    }  }}

4. "Happy path"

Per a feina reproduïble

Comandes en terminal - Màquina 1

cd carpeta_de_projecte
git init
R
[obrir projecte de RStudio]
renv::init() # per inicialitzar renv al projecte de codi
renv::snapshot() # per fer foto instantània de llista de paquets d'R emprats a tot el projecte i les seves versions respectives
q()
git commit ...
git push

xxxxxxxxxx
 
cd carpeta_de_projecte
git init
R
[obrir projecte de RStudio]
renv::init() # per inicialitzar renv al projecte de codi
renv::snapshot() # per fer foto instantània de llista de paquets d'R emprats a tot el projecte i les seves versions respectives
q()
git commit ...
git push

Comandes en terminal - Màquina 2

cd carpeta_de_projecte
git clone/git pull ...
R
[obrir mateix projecte de RStudio]
renv::status() # per a informe de quins passos proposa fer
renv::restore() # per restaurar biblioteca de paquets (i versions) del projecte
[continuar treballant en el codi]
renv::snapshot() # per fer nova foto instantània (si hi ha nous paquets /io versions de paquets d'R més noves o més velles ;-) )
q()
git commit ...
git push

xxxxxxxxxx
 
cd carpeta_de_projecte
git clone/git pull ...
R
[obrir mateix projecte de RStudio]
renv::status() # per a informe de quins passos proposa fer
renv::restore() # per restaurar biblioteca de paquets (i versions) del projecte
[continuar treballant en el codi]
renv::snapshot() # per fer nova foto instantània (si hi ha nous paquets /io versions de paquets d'R més noves o més velles ;-) )
q()
git commit ...
git push

5. Infraestructura

Els projectes amb renv escriuen i empren aquests arxius per funcionar:

Arxiu	Ús
.Rprofile	Emprat per activar `renv` per a noves sessions iniciades en el projecte (des de fora de RStudio també).
renv.lock	L'arxiu lockfile, que descriu l'estat de la biblioteca de paquets del teu projecteen un moment del temps.
renv/activate.R	L'script d'activació executat per l'arxiu `.Rprofile` del projecte.
renv/library	La biblioteca privada de paquets del projecte.
renv/settings.dcf	Configuració del projecte – veure `?settings` per més detalls.

Per omissió, renv empra memòria cau de paquets aquí:

Platform	Location
Linux	`~/.local/share/renv`
macOS	`~/Library/Application Support/renv`
Windows	`%LOCALAPPDATA%/renv`

6. Us avançat

renv::install("paquet", version="0.1") # per instal.lar versions antigues d'un paquet (útil també per a paquets descontinuats a CRAN!). Veure números de versió possibles a https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/paquet/
renv::record("paquet", version="0.1") # per desar a renv.lock la versió concreta
renv::deactivate() # per desactivar temporalment renv en el projecte
renv::activate() # per reactiar renv al projecte
renv::equip() # per a instal.lacions especials en windows
vignette("docker", package = "renv") # per a ús combinat amb docker
vignette("collaborating", package = "renv") # per millorar us col.laboratiu en equips

xxxxxxxxxx
 
renv::install("paquet", version="0.1") # per instal.lar versions antigues d'un paquet (útil també per a paquets descontinuats a CRAN!). Veure números de versió possibles a https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/paquet/
renv::record("paquet", version="0.1") # per desar a renv.lock la versió concreta
renv::deactivate() # per desactivar temporalment renv en el projecte
renv::activate() # per reactiar renv al projecte
renv::equip() # per a instal.lacions especials en windows
vignette("docker", package = "renv") # per a ús combinat amb docker
vignette("collaborating", package = "renv") # per millorar us col.laboratiu en equips

I moltes més. Veure:
https://rstudio.github.io/renv/articles/renv.html

7. Gràcies

Dr. Xavier de Pedro Puente

xavier.depedro@seeds4c.org

Aquestes diapositives són disponibles a:
https://seeds4c.org/renv

https://rstudio.github.io/renv

Unless elsewhere noted, contents of this web site are released under a Creative Commons license.

Please wait

Com emprar "renv" i no morir en l'intent

Taula de continguts de la mini-xerrada

1. Control de versions amb "entorns" de treball

2. Entorns virtuals en R amb renv

3. De utils: : sessionInfo() al renv: : snapshot() + renv.lock

4. "Happy path"

5. Infraestructura

6. Us avançat

7. Gràcies

Knowledge seeds

Login

Switch Language

Please wait

Structures

Page actions

Com emprar "renv" i no morir en l'intent

Taula de continguts de la mini-xerrada

1. Control de versions amb "entorns" de treball

2. Entorns virtuals en R amb renv

3. De utils: : sessionInfo() al renv: : snapshot() + renv.lock

4. "Happy path"

5. Infraestructura

6. Us avançat

7. Gràcies

Knowledge seeds

Login

Switch Language